Berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 7 Tahun 2007 tentang struktur organisasi LPMP Kalimantan Timur maka LPMP Kaltim terdiri dari Kepala, Sub Bagian Umum, Seksi Program dan Sitem Informasi, Seksi Pemetaan Mutu (PMS), Seksi Fasilitasi dan Sumber Daya Pendidikan (FSDP). Secara Diagram dapat dilihat pada bagan dibawah ini:
